La MAPES n’a pas de personnalité juridique, elle est portée par le CHU de Nantes en partenariat avec le Centre Les Capucins.
Ces établissements hébergent les locaux permanents de la mission.
L’action de la MAPES est supervisée par un Comité de Pilotage, et mise en oeuvre sous l’autorité de son Directeur.
Les organismes représentés au Comité de Pilotage sont détaillés ci-dessous: